Son asrın tanınmış ilim ve idare adamlarından Süleymaniye şehrini kuran “Baban” ailesine mensup Mustafa Zihni Paşa’nın oğlu olarak 1872 yılında Bağdat'ta doğdu. Bağdat Rüşdiye’si, Galatasaray Sultânisi ve Mülkiye Mektebi’nde okudu. Hariciye ve Maarif Nezaretleri tercüme bürolarında çalıştı ve Darü’l Fünun Umum Müdürü olarak görev yaptı.
Mithat Cemal’in Batılı filozoflara şaşılacak kudretle nüfuz ettiğini ama asla onlardan etkilenmediğini, kafasında şarkı ve garbı birbirine karıştırmadan taşıdığını söylediği Babanzâde, 1933 yılında üniversite reformuyla beraber yeni düzenin uslu bir hocası olmayı reddettiği için açığa alındı.
Usta bir muhaddis, kamil bir mütercim ve İttihâd-ı İslam mefkuresine inanmış sahih bir müslümandı. Döneminin Osmanlıyı kurtarma arayışları içerisinde İslamcılığı savundu, kavmiyet ve cinsiyet davası gütmeyi İslam’ın varlığı için tehlikeli bir hastalık olarak gördü. Aynı düşünceleri paylaşmasa da talebesi olan Niyazi Berkes’e göre Babanzâde İslam kültürüne bağlı, değişen toplumsal koşullara göre düşüncelerini değiştirmemiş, kişiliğinden asla ödün vermemiş, tutarlı bir Müslüman aydındır.
Muallim Cevdet’e göre Yunan düşüncesini Arapçaya tercüme eden ünlü Abbasi mütercimi Huneyn b. İshak neyse Babânzade Ahmet Naim de bugün odur. Batılı felsefi ıstılahları Türkçe diline çevirmekte gösterdiği başarı devrin bütün ilim erbabı tarafından takdirle karşılandı.
Mutlakıyet, Meşrutiyet ve Cumhuriyet gibi üç farklı siyasal devirde yaşayan Babanzâde, Batı düşüncesi ve kültürünün İslam toplumlarını bir kara bulut gibi kapladığı, aydınların kurtuluşu Batı’da aradığı, medreselerin dejenere olduğu ve nihayet kapatıldığı bir dönemde kurtuluş reçetesini hadis ve sünnette aramıştır. Her üç siyasal dönemde de iktidar muhalifi olan Babanzâde, Mutlakıyet’te Abdülhamit’e karşı, Meşrutiyet’te Said Halim Paşa ile beraber İttihatçılara karşı, Cumhuriyet’te ise devrin egemen ideolojisine karşı muhalefetini sürdürdü ve asla fikirlerinden ödün vermedi.
Bir taraftan Batılı müsteşriklerin İslam ve Müslümanlara yönelik karalayıcı eserlerine cevaplar verdi, diğer taraftan da Hüseyin Cahit ve Tevfik Fikret gibi yerli müsteşriklere eleştiriler yazdı. Kendisi ise İslam dünyasında Cemalettin Afgâni ve Muhammed Abduh gibi temsilcileri bulunan İslamcıların bir halkası olarak Sırat-ı Mustakim, Sebilurreşâd, İslam Mecmuası ve Volkan gibi gazete ve dergilerin temsil ettiği İttihâd-ı İslam mefkuresi çizgisinde düşündü ve yaşadı.
Cumhuriyet devrinin simgelerinden sayılan şapkaya karşı üniversitedeki derslerine siyah takkesiyle girdi. Mehmet Akif İstiklal Marşı’nı yazınca arkadaşı Mehmet Emin Erişirgil’in aktardığına göre, “biz kimlerin eline düştüğümüzü biliyoruz” deyip adeta Akif’i kınayarak Cumhuriyeti kuran elitlerin niyetlerini faş etti. 1929 yılında Mustafa Kemal’in İstanbul Üniversitesi’ni ziyareti sırasında herkes el pençe divan dururken o hiç oralı olmadı. Bütün bu tavırlarıyla o yeni cumhuriyetin bir zencisi olarak üniversiteden 1933 yılında uzaklaştırıldı.
Mehmed Akif Ersoy’un manevi hocası sayılan Babanzâde, Akif için Ashap’tan sonra en değerli kişi, bakiye-i selef ve sika derecesinde bir mü’mindi. Babanzâde ile Melami Şeyhi Mustafa Efendi’nin Beyazıt’taki çayhanesinde tanışıncaya kadar Akif sıradan bir adamdı. Babanzâde’nin ilmi, hilmi ve şahsiyeti Akif’te büyük bir inkılap meydana getirerek onu bir iman adamına dönüştürdü.
Babanzâde Ahmet Naim tahkik ehli bir insan olarak rey ve rivayet ekolünün yolundan giderek Urvetü’l Vuska çizgisinde bir anlayışın taşıyıcısı oldu.
Felsefe Dersleri, İlmu’n Nefs, Mantık, İslam’da Da’vay-ı Kavmiyet, Ahlak-ı İslâmiye Esasları, El-Erbe’un gibi birçok eser yanında bir hadis usulü metni olan Buhâri’nin Sahih’ine yazdığı Tercid-i Sarih Mukaddimesi en önemli çalışmasıdır. Sahih-i Buhâri’nin bir bütün olarak tercümesi için ise ömrü kifayet etmedi.
Müslüman gençliğin belki de ismini bile duymadığı, efsaneye, hurafeye, kavmiyetçiliğe ve imansızlığa karşı mücadele veren bu büyük kamet, bir devrin vicdanı ve gür sesi oldu. 13 Ağustos 1934 Pazartesi günü öğlen namazının ikinci rekatında secdede Allah’a en yakın olduğu anda, sadece namazını değil aynı zamanda Buhâri Tercümesi’ni ve üzerinde çalıştığı hasta namazına dair hadisin tercümesini de yarım bırakarak Rabbi’nin ircı’i emrine iltica etti.
