Cumhuriyet savcıları olarak kimseden talimat almadıklarını vurgulayan Pekgüzel, "Talimat almadığımız gibi iftira ve tehdit olaylarıyla karşılaşıyoruz. AB'nin davayı övmesi ya da eleştirmesi bizi etkilemez." dedi. Perinçek'in avukatı Servet Bora'nın Hakim Köksal Şengün'den, mahkemenin diğer üyelerini HSYK'ya şikâyet etmesini istediğini hatırlatan Pekgüzel, bu sözlerin başkanlık makamına açıkça hakaret olduğunu söyledi. Duruşma tutanağının işlem yapılması için Silivri savcılığına gönderilmesini talep etti.
Savcı Pekgüzel, mahkeme başkanı Köksal Şengün'ün, heyetin diğer üyelerine karşı devamlı muhalif olduğu ancak alınan kararlarda görüş birliğinde olunduğu görüntüsü verdiğini ve korkusundan muhalefet şerhi koyamadığını ileri süren Perinçek'in avukatı Servet Bora hakkında da suç duyurusunda bulunulmasını istedi.
2.455 sayfalık Ergenekon iddianamesinde tanık olarak yer alan ve duruşmalarda tutuklu sanıkların hedefinde bulunan eski MİT Kont Terör Daire Başkanı Mehmet Eymür'ün avukatı aracılığıyla davaya müdahil olarak katılma talebinde bulunduğu ortaya çıktı. Birinci Ergenekon davasına gönderilen dilekçeyi değerlendiren Savcı Pekgüzel, bu talebin reddedilmesini istedi. Pekgüzel, Ümraniye bombalarına ait görüntülerde polislerin Ergenekon'dan söz ettikleri iddiasına da değindi. Pekgüzel, uzman olmamakla birlikte kayıtları defalarca izlediklerini ve kendilerinin Ergenekon kelimesini duymadıklarını belirtti. Yine de oluşturulan bilirkişi heyetinin incelemesini sürdürdüğünü bildirdi.
Pekgüzel, Danıştay tetikçisi Alparslan Arslan'ın çapraz sorgusunda söylediği ancak iddianamede geçmeyen bazı olaylar ve konuşmaları nedeniyle savcılığa hakkında suç duyurusunda bulunulmasını da talep etti.
