Duruşmaya, Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal, eski İnönü Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu, emekli Tuğgeneral Levent Ersöz ve Yarbay Mustafa Dönmez dışındaki 48 tutuklu sanık katıldı. Savcılar tarafından önceki duruşmada ara verilen iddianamenin okunmasına devam edildi. Savcı Mehmet Ali Pekgüzel, 2. iddianamede Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay'ın bilgisayarında ele geçirilen darbe içerikli notları okudu.
Ergenekon soruşturmasının kırılma noktalarında biri de 1 Temmuz 2008'de düzenlenen operasyonla Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay'ın dizüstü bilgisayarından ele geçirilen darbe notlarıydı. El konulan bilgisayarın yapılan incelemesi sonucu bazı günlük görüşmelerini, toplantılarını ve olaylara dair görüşlerini notlar halinde kaydettiği görüldü. Balbay'ın 'ben onları silmiştim' dediği 'darbe günlükleri'nde AK Parti'nin nasıl bertaraf edileceği ayrıntılarıyla yer alıyordu. Çoğunlukla 2002-2005 yılları arasında tutulduğu anlaşılan notlarda, kuvvet komutanlarının bazı gazetecilerle yaptıkları görüşmelere yer veriliyordu. Şener Eruygur, bölük pörçük yapıların bir araya getirilmesi gerektiğini, 4 kuvvet komutanının bir blok halinde birlikte hareket ettiklerini ve darbeye karşı tavrıyla dikkat çeken dönemin Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün de kendilerine uymak zorunda kalacağını anlatıyor.
Bu arada, tutuklu sanıklardan Kuvayı Milliye 1919 Derneği yöneticisi Durmuş Ali Özoğlu, soruşturmada görev alan hakim, savcılar ile emniyet personeli hakkında suç duyurusunda bulundu. Polislerin savcı Zekeriya Öz'ün imzasını taklit ederek belge oluşturduklarını savundu. Görevliler hakkında 'görevi kötüye kullanmak, sahte resmi evrak tanzimi, adli mericileri yanıltmak' suçlamasıyla kamu davası açılması talep edildi.
