Genelkurmay Başkanlığı, Özel Kuvvetler Komutanlığı'na bağlı Seferberlik Bölge Başkanlığı'nda 6. kez yapılan aramanın durdurulması için Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'ne dilekçeyle başvurmuştu. Mahkeme, Genelkurmay Başkanlığı'nın aramaların durdurulmasına ilişkin talebini reddetti. Daha önce de aramalara yayın yasağı getirilmesi istenmiş, bu yönde yapılan iki talep de reddedilmişti.
Mahkeme ret kararında, Cumhuriyet Başsavcıvekilliği'nin talebi üzerine, Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi Hakimliği'nce yapılan işlemin CMK'nın 125. maddesi kapsamında, devlet sırrının incelenmesi işlemi olmayıp, CMK'nın 119. maddesi kapsamında bir arama kararı ve uygulaması olduğu ifade edildi.
Bu nedenle itirazların reddedildiği belirtilen kararda, "arama konusu işlemlerin soruşturma konusu fiille sınırlandırılmasına ve soruşturmanın niteliği, arama yapılan yerin özelliği ve yapılacak işlemlerin kapsamı gibi nedenler de gözetilerek, aramanın en kısa sürede tamamlanmasına karar verildiği" kaydedildi.
Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, arama tamamlandığında "tutulacak tutanağın sadece suça konu delillerle ilgili bilgi ve belgelerle sınırlı olmasını" da kararlaştırdı.
Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nin ret kararında, "isnat edilen suçların niteliği, olayın vahameti ve delillerin karartılması ihtimali nazara alındığında, bu yerin devlet sırlarının saklandığı yer bile olsa arama yapılmasına yasal bir engel bulunmadığının kabulü gerekir... Aksine düşünce, devlet sırrı kavramının arkasına saklanılarak, suç delillerinin gizlenmesi ve bilahare yok edilmesine zemin hazırlandığını akla getirebilir... Devlet sırlarının bulunduğu yerlere, salt bu nedenle hiçbir gerekçeyle ve hiçbir şekilde girilip araştırma yapılamaması, devlet sırrı niteliğinde olmayan ve suç teşkil eden fiillerin bu gibi mahallerde gizlenmesi ve faillerinin de soruşturma ve kovuşturmadan kurtulması sonucunu doğurur ki; bu da hukuk devleti ilkesine olan güveni sarsacağı gibi, söz konusu kurumun da zan altında kalmasına sebebiyet verebilir."
İtiraza ilişkin başvurular, Milli Savunma Bakanlığı ile Genelkurmay Başkanlığı adli müşavirliklerince 31 Aralık 2009 tarihinde yapılmıştı.
