Ergenekon soruşturması kapsamında yapılan aramalarda ele geçirilen en önemli belgelerin içerisinde 'fişleme' dosyaları da yer alıyordu. Örgüt, devletin en üst bürokratlarından en alt kademedeki hizmetlisine kadar herkesi tek tek fişlemiş, ailesi, siyasi görüşü ve özel yaşantısına kadar tek tek kayda almıştı. Maliye, Milli Eğitim, İçişleri ve Dışişleri bakanlıklarında çalışan memurlar ve öğretmenler, TSK'da bazı subaylar, devlet hastanelerinde çalışan doktorlar ve sağlık çalışanları da fişlemelerden nasibini almıştı. Yargıtay'dan şu ana kadar hiçbir üyenin Ergenekon'dan davacı olmaması dikkat çekti. Devletin birçok kurumunda görev yapan üst düzey bürokratlardan şu ana kadar herhangi birinin, kendisiyle ilgili fişlemeler nedeniyle Ergenekon'dan davacı olduğu duyulmadı. Onlarca üst düzey bürokrat ve yargı mensuplarının neden fişlemelerle ilgili davacı olmadıkları merak konusu. Eski Yargıtay Üyesi Ekrem Serim, davanın temyiz aşamasında Yargıtay'a geleceğini, fişlenen Yargıtay üyelerinin şimdiden taraf konumunda olmamak için böyle davranmış olabileceklerini vurguladı. Serim, "Temyiz incelemesini yapacak üyeler şikâyetçi olursa, Yargıtay inceleyemez hale gelebilir. Biraz da tarafsız kalmak zorundalar. Hakimin tarafsızlığı da önemli." dedi. Hukukçular Birliği Vakfı Başkanı Avukat Sinan Kılıçkaya ise "Yargıçlarımızın hukuka aykırılıkların üzerine gitmeleri, hele hele kendilerinin mağdur olduğu durumlarda müdahil olmamaları anlaşılabilir değil. Şikâyetçi olmaları bundan sonraki süreçleri etkileyecektir." dedi. ZAMAN