2002-2003 yıllarında 'Balyoz' darbe planı hazırlanırken MİT'te görevli olan Cevat Öneş'in yazısından satır başları şöyle: "(...) 1960 cunta hareketinin, Silahlı Kuvvetler'in merkezi kontrolüne girişi, 9-12 Mart 1971 darbesi, 12 Eylül 1980 darbesi, 28 Şubat 1997 müdahalesi, 27 Nisan 2007 e-muhtırası gibi sonuçları bilinen, farklı tarihlerde ortaya çıkan, kamuoyuna yansımayan bazı müdahale arayışlarını bütünlük içinde değerlendirdiğimizde de, Silahlı Kuvvetler bünyesinde devamlılık kazanan müdahale arayışlarının yapısal bir sorun yarattığından söz edebiliriz. (...) Post-modern müdahale olarak tarihe geçen 28 Şubat olayında, Erbakan hükümetinin devrilmesinden sonra, Genelkurmay Başkanlığı ile İçişleri Bakanlığı arasında imzalanan EMASYA Protokolü'nün yarattığı fiili durum (iç güvenlik konusunda askere özerk olarak kullanabileceği, sürekliliğe sahip, denetlenemeyen, sivil emniyet, istihbarat birimlerini de kontrol edebilen), kaldırılan Olağanüstü Hal yönetiminin boşluğunu da doldurmuştur.
EMASYA Protokolü'ne göre örgütlendirilen 'İç Güvenlik Üniteleri'nin bilgi toplama, istihbarat üretme, tehdit değerlendirmeleri yapma görevlerine paralel olarak, askerin mülki amirden talep gelmeden de, olaylara müdahale edebilme yetkileriyle donatılışı, meseleye bir 'vesayet sistemi' boyutunu kazandırmıştır. (...) Tekrar tekrar vurgulamak yararlı olacaktır. Balyoz Planı'yla tartışılmakta olan meselelere, sübjektif değerlendirmelerle, ideolojik bakışlarla, kişisel-kurumsal-siyasi çıkar hesaplarıyla yaklaşılması, telafisi mümkün olmayan sonuçlar yaratabilir. Öncelikle siyasi iktidar, siyaset kurumları, Genelkurmay Başkanlığı, yüksek yargı organları, siyasi muhalefet, medya ve ilgili tüm aktörler, özeleştiri yaparak, çağdaş demokratik sistemin asgari müştereklerinde işbirliği şartlarını yaratarak, Türkiye'nin değişim ve dönüşümünün yapılandırılabilmesi için ihtiyaç duyulan adımları atabilmelidirler. Bu konuda, kurumsal yapılarda ortaya çıkabilecek, demokrat liderler-öncüler, siyasete de güç verebilecek, nitelik kazandırabilecek, rollerini oynayabilecekleri toplumsal şartlara da sahiptirler."
