Son iki yıl içinde Deniz Kuvvetleri'nde Yarbay Tatar'la birlikte 6 rütbeli subay şüpheli şekilde hayatını kaybetti. Sır ölümler, 2 Mayıs 2007'de şüpheli bir trafik kazasında yaşamını yitiren emekli Deniz Albay Birol Atakan'la başladı. Onu sırasıyla Tabip Yarbay Nursel Gedik, Yüzbaşı Olgun Vural, Hakim Yarbay Tanju Ünal ve emekli Deniz Albay Ali Belgütay Varımlı izledi. Son olarak 20 Aralık'ta Deniz Yarbay Ali Tatar evinde intihar etti. Deniz Kuvvetleri'nde görevli subayların şüpheli ölümler zincirinin ilk halkası emekli Deniz Albay Birol Atakan, 28 Şubat sürecinde Oramiral Güven Erkaya ile birlikte çalıştı. Komutanların 'hafıza defteri' olarak bilinen Atakan, komutanlıktaki Ergenekoncu yapılanma hakkında birçok bilgiye sahipti. Atakan'ın Ergenekon'la irtibatlı subayların tayin terfi işlerinde etkili olduğu iddia ediliyordu. Geçirdiği trafik kazasıyla hayatını kaybeden Atakan, eski kuvvet komutanları Özden Örnek ile Yener Karahanoğlu arasındaki köprü isim olarak biliniyordu. Tabip Yarbay Nursal Gedik'in ölümü de resmi kayıtlara intihar olarak geçti. 2007 yılının 11 Kasım'ında hayatını kaybeden Gedik'in ailesi intihara ihtimal dahi vermezken yarbayın ardından komutanlıkta dönen kirli ilişkiler konusunda ulaşmaması gereken bazı bilgileri elde ettiği için öldürüldüğü ileri sürülmüştü.

Ergenekon soruşturmasını yürüten savcıların, komutanlıktaki yapılanmayı deşifre eden listeyi ele geçirmesinden sorumlu tutulan kişi olarak gösterilen Yüzbaşı Olgun Vural da şüpheli bir şekilde hayatını kaybetti. Vural, ölürken, "Bulmacanın parçaları beni gösteriyor ama ben değilim." diye not bırakmıştı. Dördüncü şüpheli ölüm 25 Haziran 2009'da İzmir'de meydana geldi. Kamuoyuna tabancayla intihar ettiği açıklanan Yarbay Tanju Ünal, eski Deniz Kuvvetleri Komutanı İlhami Erdil'i yargılayarak rütbelerini söktüren askerî hakimdi. Hâkim Yarbay Tanju Ünal, karargâhtaki makam odasında ölü bulundu ve kamuoyuna tabancayla intihar ettiği açıklandı. Ölümü şüpheli bulunan diğer denizci Kadıköy'deki evinin balkonundan düşerek hayatını kaybettiği öne sürülen emekli Albay Belgütay Varımlı'ydı. 20 Kasım 2009'da intihar ettiği iddia edilen Varımlı'nın, ölümünden sonra, Sarıkız ve Ayışığı darbe planlarını deşifre eden subay olduğu ortaya çıkmıştı. Deniz Yarbay Ali Tatar da, Ergenekon soruşturması kapsamında Poyrazköy'de ele geçirilen mühimmatla ilgili gözaltına alınıp tutuklanmış, itiraz üzerine serbest bırakıldıktan sonra hakkında yakalama emri çıkarılmış, emre ilişkin tebligatı aldıktan sonra evinde intihar etmişti.