Yüksek Öğretim Kurulu'nun (YÖK) katsayı uygulamasını kaldıran düzenlemesiyle ilgili Danıştay'ın yürütmeyi durdurma kararını, "ideolojik" diye eleştiren Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın sözleriyle ilgili Danıştay Başkanı Mustafa Birden yazılı açıklama yaptı. Açıklamada, Danıştay'ın Anayasadan aldığı yetki ile "Türk Milleti adına" yargı yetkisini kullandığı ifade edilerek meslek liseleri ve imam hatip okullarına üniversite yolunu kapatan karar şu şekilde savunuldu: "Danıştay, sadece hukukun üstünlüğünü hedeflemekte, siyasi ve ideolojik kaygılarla karar verdiği yolundaki suçlamayı kesinlikle hak etmemektedir. Bu bağlamda, yargı kararını siyasi ya da ideolojik bir karar olarak nitelendirmeye hiç kimsenin hakkı yoktur."
Başbakan Erdoğan'ın sözlerinin Danıştay'ı ve mensuplarını suçlayıcı ve töhmet altında bırakıcı olduğu ileri sürülen açıklamada, bunun mahkemelerin bağımsızlığı açısından sakıncalı olarak görüldüğü ifade edilerek, "Unutulmamalıdır ki, bu tip açıklamalar, söylemler, kanaatler yargı bağımsızlığı ve tarafsızlığına zarar vermekte; yargının, kamuoyu nezdindeki güveni ve saygınlığında tahribata yol açmaktadır. Danıştayımıza ve kararlarına yönelik değerlendirme ve eleştirilerde daha özenli davranılması ve Devlet adına yetki kullananlarca bu hususa daha duyarlı olunması gerektiğinin haklı beklentisini taşımaktayız" denildi.