Yönetmelikteki 'Haberleşmenin tespiti ve dinlenmesi gibi delil toplama işlemleri' ibaresini veto eden Danıştay, müfettişlerin hâkim ve savcılar hakkında inceleme yapma yetkisinin kalkması talebini ise yerinde görmedi. Kararda, adalet müfettişlerinin yasal çerçevede inceleme ve soruşturma yetkisinin bulunduğuna dikkat çekildi. Adalet Bakanlığı'nın, karara karşı Danıştay İdari Dava Daireleri Genel Kurulu'nda itiraz edeceği belirtildi.
Daire, Adalet Bakanlığı'nın Emin-ağaoğlu'nun müfettişler hakkında yaptığı suç duyurusuna cevap vermesi gerektiğine de karar verdi. Bu görüşe iki üye katılmadı. İki üye, Eminağaoğlu'nun suç duyurusuyla ilgili ayrı dava açması gerektiğini belirtti. Yönetmeliğin yürütmesinin durdurulması yönünde oy kullanan Danıştay 5. Daire Başkanı Salih Er, Danıştay'a silahlı saldırının yıldönümünde Başbakan Tayyip Erdoğan'ı hedef alan konuşmasıyla dikkat çekmişti.
Danıştay kararında, müfettişlerin Anayasa, Ceza Muhakemeleri Kanunu ve Hakimler ve Savcılar Kanunu'na göre cumhuriyet savcısı gibi hareket edip her türlü delili toplayabileceği yönündeki hükümleri görmezden geldi. Hukukçular, müfettişlerin CMK ve 2802 sayılı kanuna göre hakim ve savcılar hakkında soruşturma yürüttüğüne dikkat çekiyor. Müfettişlerin CMK'daki yetkileri yürürlükte olduğu için hakim ve savcılar hakkında dinleme kararları talep edip soruşturma yürütebileceği belirtiliyor. Yürütmeyi durdurma kararının, geriye hüküm ifade etmediği, Eminağaoğlu ile Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Osman Kaçmaz hakkındaki soruşturmaları etkilemeyeceği ifade ediliyor. Gerekçeli kararda, CMK'nın 135. maddede sayılan suçlarla ilgili cumhuriyet savcılarına tanınan yetkinin, hakimler ve savcılar hakkında soruşturma yapan müfettiş ya da başmüfettişleri tanınmış sayılacağı yolundaki Adalet Bakanlığı'nın savunması dikkate alınmadı. Kararda, Emniyet, MİT ve Jandarma'ya kanunla verilen iletişimin dinlenmesi yetkisinin Adalet Bakanlığı müfettişlerine kanunla tanınmadığı öne sürüldü. 2802 sayılı Hakimler ve Savcılar Kanunu'nun da müfettişlere böyle bir yetki tanımadığı savunuldu.
