Askeri Savcılığın hazırladığı iddianamede, Çiçek'in, 12 Haziran 2009'dan önceki bir tarihte "İrticayla Mücadele Eylem Planı" başlıklı yazıyı hazırlamak suretiyle görevi kötüye kullandığı" iddiasında bulunmuştu. İddianamede Çiçek'in "hazırladığı yazıyı belirlenemeyen bir şekilde bazı kişiler aracılığıyla basında yer almasını sağlayarak astlık-üstlük münasebetlerini zedelemeye, amir veya komutanlara karşı güven hissini yok etmeye matuf olarak alenen tahkir ve tezyif edici fiil ve hareketlerde bulunduğu" öne sürülüyor. Dursun Çiçek'in avukatı iddianame ile ilgili, "Eğer amaç Albay Çiçek'i suçlayarak başka kimsenin yara almamasını sağlamaksa bu yanlış" yorumunda bulunmuştu.