Üçüncü iddianamede 'Bir Numara' olarak tabir edilen örgüt liderine bağlı olan ve diğer örgüt mensupları tarafından kimlikleri bilinmeyen 'Kontrol Dairesi' üyelerine ilişkin tespitler de yer alıyor. Örgütün anayasası olarak nitelendirilen "Ergenekon Analiz, Yeni Yapılanma Yönetim ve Geliştirme Projesi" başlıklı dokümanda söz konusu birimin görevi açık ve net olarak açıklanıyor.
Gizliliğine ayrıca önem verilen belgeye göre, Kontrol Dairesi, Ergenekon. Belgesinde, "Bu dairenin varlığından Ergenekon Örgütü Başkanı/Komutanı'ndan başkaca hiç kimsenin bilgisi olmaması kesin bir gerekliliktir. Operasyonlarda yer alması zorunlu olan bu dairede yer alan ajanların ilk görevi; operasyon alanı içinde bulunmak, operasyon esnasında temizleme ve ortadan kaldırma gibi işlemlerde doğabilecek sorunları çözümlemektir. İkinci bir görevleri, karşı istihbarat örgütlerine geçen, yakalanan veya operasyon amacına aykırı hareket eden herhangi bir ajanı öldürmektir." ifadelerine yer veriliyor. Kontrol Dairesi'nde görevlendirilecek ajanların, mutlaka Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinden ve özel operasyon ünitelerinden çok dürüst, güvenilir kişilerden seçilmesi gerektiği yazıyor. Bu ajanların merhametsiz olması ve bağımsız görev yapabilmesi gerektiği bildiriliyor.
Emirleri doğrudan Ergenekon Komutanı'ndan alacağı, üst yöneticiler ve örgüt personeli ile ajanları tarafından bilinmemesi gerektiği vurgulanıyor. İlk iddianamede, Özel Kuvvetler'den emekli Fikret Emek'in Kontrol Dairesi'nde görevli olduğu ileri sürülüyor. Üçüncü iddianamede ise aynı soruşturma kapsamında tutuklanan Yarbay Mustafa Dönmez'in doğrudan 'Bir Numara'ya bağlı olduğu ve Kontrol Dairesi'nde görevli bulunduğu aktarılıyor. Dairenin hücre yapılanması şeklinde düzenlendiği ifade ediliyor.
