İddianamede bulunan "Ergenekon Analiz, Yeni Yapılanma Yönetim ve Geliştirme Projesi" isimli bir dokümanda, "Ergenekon'a istihbarat örgütleri içinde ayrıcalıklı bir özellik ve güvenlik kazandıracaktır" deniliyor. Dokümanın "Kontrol Dairesi" başlıklı bölümünde ise, ajanların karşı istihbarat örgütlerine geçen, yakalanan veya operasyon amacına aykırı hareket eden herhangi bir ajanı öldürebilecekleri iddia ediliyor. Kontrol Dairesinde görevlendirilecek ajanların, 'merhametsiz olması gerektiği' de ifade ediliyor. İddianamede, bu tespitlerin var olduğu iddia edilen Ergenekon Silahlı Terör Örgütü'nün yoruma yer vermeyecek şekilde gizliliğe, katı hiyerarşik kurallara ve uygulamalara sahip olduğunu gösterdiği kaydediliyor.
