Ortaöğretimde çocukların ayrı ayrı okutulmasını çağ dışılık olarak değerlendirenleri doğru bulmadığını belirten Çubukçu, bu tür önerilere prensipte karşı olmadığını söyledi. Çubukçu, "Bu meseleyi haremlik-selamlık olarak değerlendirme her şeyden önce eğitimin planlanması açısından bilimsel değildir." dedi.

Muş-Bitlis ziyareti kapsamında Muş'a gelen Bakan Çubukçu, kız ve erkek çocuklarının ayrı okulda okumasının Cumhuriyet'in ilk yıllarından itibaren uygulanmış bir proje olduğunu hatırlattı. Bakanlık olarak böyle bir çalışmaları olmadığını kaydeden Çubukçu, şöyle konuştu: "Bu konunun sürekli gündeme getirilmesi doğru değil. Bu tür öneriler her zaman yapılıyor ve yapılmasından doğal da bir şey olamaz. Özellikle belli bölgelerde kız çocuklarının okullaşması açısından, ortaöğretimde ayrı olarak planlanması önerileri her zaman yapılıyordu. Türkan Saylan da bunu öneriyordu. O zaman ona tepki gösterilmiyordu. 'Milli Eğitim böyle düşünüyor' denmesi hatalı. Ben, bu görüşün savunulabilir olduğunu söylüyorum."