'Vicdan mahkemesi' adı verilen duruşmada, yargılama sürecinin bütün unsurlarına riayet edildi. Prof. Dr. Ahmet İnsel ve Avukat Ergin Cinmen tarafından hazırlanan iki ayrı iddianame salonda okundu. İddianamelerde darbecilerin tüm millete karşı suç işlediğinin altı çizilirken, dönemi yaşayanlar da şahit olarak dinlendi. Duruşma sonunda karar açıklandı. Cuntacılar 'demokratik Türkiye için çalışma' cezasına çarptırılırken, gerçek yargılama için de savcılar göreve çağrıldı.
Vicdan Mahkemesi'nin açılış konuşmasını ise avukat Fethiye Çetin yaptı. 12 Eylül'ün süreç olarak hâlâ devam ettiğini söyleyen Çetin, 1980 darbesinin çeteleşmenin, kanunsuzlukların ve demokrasi dışı faaliyetlerin çıkış noktası olduğunu ifade etti. Çetin şöyle devam etti: "12 Eylül bugün 28 Şubat'larla, 27 Nisan'larla devam ediyor. 12 Eylül Şemdinli'yle, Uğur Kaymaz'larla, Hrant Dink'le, Rahip Santoro'yla, Malatya katliamıyla, parti kapatmalarla devam ediyor. Bu rejim, ne yazık ki, darbeci mekanizmaya her zaman ihtiyaç duyuyor. 12 Eylül'ü meydana getiren bu rejimle yüzleşemediğimiz için de bu süreç sonlanmıyor."
Duruşmada avukat Ergin Cinmen ve Prof. Dr. Ahmet İnsel tarafından hazırlanan iki ayrı iddianame okundu. Cinmen, 12 Eylül'ün birkaç yıl öncesinden itibaren bir kuyumcu titizliğiyle, planlandığını ve yürürlüğe sokulduğunu söyledi. Cinmen, "Adına provokasyon denen eylemlerle, toplu katliamlarla, faili meçhul cinayetlerle bu süreç hazırlandı." dedi. İnsel tarafından hazırlanan iddianamede ise, Milli Güvenlik Konseyi üyelerinin tüm millete karşı suçlu olduğuna dikkat çekildi. 12 Eylül'ün, Türkiye tarihinde kara bir leke olduğunu söyleyen İnsel, darbenin çağdaş ve demokratik bir ülkeye kavuşmanın önünü tıkadığını kaydetti.
İddianamelerin okunmasının ardından şahitlere söz verildi. Yazar Adalet Ağaoğlu, "Darbecileri yargıladığımız anda ve Ergenekon'un dibine kadar gidildiği andan itibaren biz nelerin olduğunu anlayabileceğiz. 27 Mayıs 1960 öncesinde 'ordu gençlik el ele' siyaseti zihnimize dolduruldu. Cumhuriyet Kemalizm'i iyi olsaydı bu noktaya gelir miydik? Cumhuriyet devriminin raporları yalan söylemeseydi 'ordu gençlik el ele' demezdik." dedi. (Zaman)