Gözaltına alındığı sırada çok konuşulan kasadaki 2.5 milyon Euro'sunu bankaya yatıran Aygün, bu parayı nereden elde ettiğini açıklamış, son yıllarda elde ettiği gayrimenkulleri vasıtasıyla bu paraya sahip olduğunu söylemişti.
Ancak Ergenekon soruşturması kapsamında Aygün'ün banka hesabı bloke edildi.
Ergenekon soruşturması kapsamında 1 Temmuz'da gözaltına alınan ve ardından cezaevine konan Sinan Aygün'ün evinden, arama sırasında 2 kasa çıkmış ve kasaların açılması istenmişti. Aygün kasalardan birisinin kendisine, diğerinin ise şehir dışında olan eşine ait olduğunu ve eşine ait olan kasanın anahtarının kendisinde olmadığını söylemişti. Aygün'e ait kasayı açan polis, nakit 2.5 milyon euro para ve çok sayıda çek bulmuştu. Çilingirle açılan eşinin kasasında da da altın ve değerli taşlardan oluşan mücevher koleksiyonu bulunmuştu. Polis o sırada kasadakilere el koymamış, ama tutanağa geçirmişti. İşte o kasadaki 2.5 milyon Euro'yu bankaya yatıran Aygün, parasını yine kurtaramadı.
