Milli Savunma Bakanı Vecdi Gönül, "Konu bakanlıkta inceleniyor. Bir neticeye ulaşıldığı zaman açıklanacaktır." dedi. Dokuz Eylül Üniversitesi'ni ziyareti sırasında soruları cevaplayan Gönül, ayrıntıya girmekten kaçındı. Yargıtay Savcısı Eminağaoğlu hakkında çarpıcı iddialar var. Komando yapılmaya elverişli olup-olmadığı yönündeki inceleme sonucunda Eminağaoğlu'na 'sağlam'dır raporu veren Tabip Yüzbaşı Osman Artuç, kendisinin imzaladığı belgede daha sonra tahrifat yapıldığını açıklamıştı. Eminağaoğlu, raporun üstüne düşülen notlarla yeniden heyet önüne çıkmış ve çürük raporu almıştı. YARSAV Başkanı'yla ilgili başka bir iddia ise usulsüz yollardan yeni rapor temin etmeye çalışmak. Aktif Haber'in iddiasına göre Eminağaoğlu, Genelkurmay Adli Müşavirliği'nde çalışan eşi Serpil Hanım'la birlikte temaslara başladı. Eminağaoğlu çifti, 25 Ağustos'ta Genelkurmay Adli Müşaviri Hakim Tuğgeneral Hıfzı Çubuklu ile üçlü zirve gerçekleştirdi. 1 saat 15 dakika süren görüşmede, mevcut çürük raporu ve bununla ilgili ortaya çıkan çelişkiler incelendi. 1 Eylül günü tekrarlanan görüşmede yeni rapor alınması kararlaştırıldı. Ancak ameliyat olduğu rahatsızlık sebebiyle çürüğe çıkamayacağı için Eminağaoğlu'na farklı bir teşhis konulması benimsendi. Bunun üzerine YARSAV Başkanı, 10 Eylül'de Gülhane Askeri Tıp Akademisi'ne (GATA) gitti. Eminağaoğlu'na eski hastalığından değil karaciğer çerçevesinde yeni bir rapor tanzim edilmesi için hazırlıklara başlandı. İddialarla ilgili Radikal gazetesinin sorularını cevaplayan Eminağaoğlu, "Eşimi bu olayın içine karıştırmaları son derece çirkin, etik ve hukuk dışı. Takip ediliyorum. Bu takipler özel amaçlı, gerçek dışı ve yorumlara konu ediliyor. GATA'ya gittim. Beni kimse sevk etmiyor, muayenemi kendim yaptırıyorum." demişti.
Geçtiğimiz ay basına yansıyan Eminağaoğlu'nun çürük raporunda 1984 yılında 'Laparatomu/ Drenaj Bridektomi' yani karın ameliyatı olduğu belirtiliyor. Ancak raporda Eminağaoğlu'nun ameliyatıyla ilgili kod yerine 'd/45 f6' kodu kullanılmış. Bu karaciğer hastalıklarıyla ilgili bir kod. TSK'daki sağlık yeteneği yönetmeliğinde 'd/45 f-6' şöyle tanımlanıyor: "Karaciğerin, radikal tedavileri mümkün olmayan, komplikasyon veya fonksiyon bozukluğu yapmış multipl kistleri." YARSAV Başkanı'nın çürük raporunda ameliyatından farklı olarak 'd/45 f6' kullanılması ilginç bulunmuştu. Bu arada Ömer Faruk Eminağaoğlu'nun kardeşi Emin Yaşar'ın da çürük raporu aldığı ileri sürülüyor.