Ergenekon soruşturmasını yürüten savcılık, Arslan'ın Kadıköy'deki bürosunda yapılan aramada ele geçirilen ve adli emanette bulunan eşya arasında Ergenekon ibareli 16 sayfalık bilgisayarda yazılmış notlar bulunduğunu tespit etti. Bunun üzerine İstanbul Cumhuriyet Savcılığı, incelemek üzere Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nden notları istedi. Adli emanette tutulan notlar savcılığa gönderildi. Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, Danıştay'a düzenlenen saldırının Ergenekon örgütü ile bağlantısının bulunmadığına karar vermişti. Notların Ergenekon'un ana belgesinin özeti niteliğinde olduğu ve örgüt adına siyasi suikastların gerçekleştirileceğine ilişkin bilgilerin bulunduğu öğrenildi. Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan yazar Ümit Oğuztan, aralarında Tuncay Güney'in de bulunduğu 11 sanık ile çete, dolandırıcılık ve sahtecilik suçlaması ile yargılanmıştı.
Oğuztan 2001'de evinde ve işyerinde yapılan aramalarda ele geçirilen eşya ile dosyalarının iade edilmesini talep etti. Mahkeme de 4 Temmuz 2003 tarihli tutanakla Oğuztan'ın dosyalarını ve eşyasını kendisine teslim etti. Teslim tutanağında, Oğuztan'a iade edilenler arasında "Ergenekon, Suikastlar, TCK İstihbarat birimleri. Susurluk Komisyonu raporu'' içerikli bir klasör de bulunduğu ortaya çıkmıştı. Ergenekon kapsamında gözaltına alınan Ümit Oğuztan, savcılık tarafından serbest bırakılmıştı. Yeni delillerle yeniden gözaltına alınan Ümit Oğuztan, 6 Şubat 2008'de "örgüt üyeliği, halkı hükümete karşı silahlı isyana teşvik ve devletin gizli belgelerini elinde bulundurmak" suçlarından tutuklanmıştı.
Danıştay saldırısı soruşturması kapsamında gözaltına alınan ve hakkında takipsizlik kararı verilen emekli yüzbaşı Muzaffer Tekin Ergekekon soruşturması kapsamında tutuklanmıştı. Aynı soruşturma kapsamında tutuksuz olarak yargılanan ve iddianamesi tamamlanarak mahkemeye verilen Ergenekon örgütüne finans desteği sağladığı iddia edilen Muzaffer Tekin'in de hissedarı olduğu Doğuş Faktoring'in sahibi Ayhan Parlak hakkında da beraat kararı verilmişti. (Sabah)
