Cumhuriyet gazetesine molotofkokteyli atılmasına ilişkin 7'si tutuklu 8 sanık hakkında, 8 yıl 3 ay ila 42 yıl arasında değişen hapis cezası istemiyle dava açıldı. İstanbul Cumhuriyet Savcılığınca hazırlanan iddianamede, "Ergenekon" davasının tutuksuz sanıklarından Sedat Peker'in adamı olduğu ifade edilen Boğaç Kaan Murathan'ın talimatı sonucunda eylemin gerçekleştirildiği belirtildi. Sanıkların, eylemi terör amaçlı gerçekleştirdikleri kaydedilen iddianamede, tutuklu sanıklardan Bedirhan Şinal'ın 16 yıl 3 aydan 42 yıla kadar hapisle cezalandırılması istendi. Eylemin talimatını verdiği belirtilen Boğaç Kaan Murathan'ın da aralarında bulunduğu diğer 7 sanığın da 8 yıl 3 ay ila 37.5 yıl arasında değişen hapisle cezalandırılması istendi. Şişli'deki Cumhuriyet gazetesinin bahçesine 29 Mart 2008 tarihinde molotofkokteyli atılmıştı. İddianamede, eylemin ilk önce Cumhuriyet Gazetesi Başyazarı İlhan Selçuk'un öldürülmesi şeklinde planlandığı vurgulandı. İddianamede, Şinal'ın iletişim tespit tutanakları ile cezaevinden İlhan Selçuk ve Tufan Yüce'ye yazdığı mektuplarla ilgili yapılan araştırmalarda, bu mektupların "Ergenekon" davasının tutuklu sanıklarından Hüseyin Görüm tarafından yazdırıldığı iddialarının yer aldığı belirtilerek, Şinal'ın beyanlarında Rober Hatemo ve Orhan Pamuk'a karşı suikast hazırlanmasına yönelik görüşmelerin de bulunduğu bildirildi.
