İddianameyi gördükten sonra ilk olarak 'Biri Bizi Gözetliyor (BBG) evinin tutanak belgesi' nitelemesinde bulunduğunu anlatan Baykal, "Yani o dedi, bu dedi, ne demiş? Dediği lafların tamamına yakını, normal beklenen laflar. Bir kısmı, özel, şahsi, dedikodu niteliğinde. Çoğu suç teşkil etmeyen laflar. Bu örgütü bulacağız, diye bin bir dereden su getirilmiş. Bunun ciddi, inandırıcı tarafı yok." dedi. Ergenekon iddianamesini hazırlayan savcıları sert bir dille eleştiren CHP lideri, AK Parti'ye ilişkin davada ise yargıyı övdü. Gerçek hukukçuların elinden demokrasiye zarar gelmeyeceğini belirten Baykal, şu yorumu yaptı: "Demokrasimiz hukukun kararlarından güçlenerek çıkar. Herkes hukukun ortaya koyduğu gerçeklerden yararlanır. Demokrasi, laiklikle çatışmaz. Laiklikle çatışırsa olmaz. Biz hukukla ve laiklikle çatışmayan gerçek demokrasi istiyoruz."
Partisinin TBMM grup toplantısında Ergenekon iddianamesini değerlendiren Baykal, hiçbir somut suç delilinin ortaya konulamadığını iddia etti. İddianameyi gördükten sonra artık daha net yorum yapabildiğini belirten Baykal, "Önümüzdeki belge hukuki, adli belge olmanın ötesinde polemik yönü ağır basan siyasal bir belgedir." diye konuştu.
İddianameyi inşa eden kişinin (Tuncay Güney) Kanada'da yaşayan bir haham olduğunu belirten CHP lideri, bu kişinin karanlık bir yapıya sahip olduğunu öne sürdü. İddianamede yer alan "AK Parti kapatma davasında Ergenekon örgütü baskı yaptı." tespitine tepki gösteren Baykal, kendisine yönelik "5 milyon dolar rüşvet aldı" iddiasına şu cevabı verdi:
"Bana ve Olcay'a birileri para getirmiş. Kim söylüyor bunu? 'Ben de bilmiyorum.' diyor savcı. Savcı bey, bu kimin iddiası? Adresler yanlış hiç alakası yok, her şey gerçek dışı. Bu iddia zırva. Ama asıl sorulması gereken, niçin böyle bir zırva önemli bir iddianamede yer tutuyor. Savcı üzerindeki o savcı elbisesini çıkarsın da bu iddiayı söylesin kendisiyle Türk adliyesi önünde hesaplaşalım bakalım."
