Engin Ceber'in gözaltında tutulduğu karakolun nezaretine ait 17 CD ve Metris Cezaevi'nde güvenlik kameralarına yansıyan 8 DVD'nin 3 bilirkişiye verilerek konuya ilişkin bir ay içinde rapor hazırlanmasına karar veren mahkeme heyeti, Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan gazeteci Tuncay Özkan'ın, Engin Çeber'in ölümüne ilişkin Meclis Alt Komisyonu'na verdiği bilgilerin de dava dosyasına eklenmesini istedi. Engin Çeber'in ölümüne ilişkin aralarında cezaevi ikinci müdürü, 39 gardiyan, polis ve askerlerin de bulunduğu 60 kamu görevlisinin yargılandığı davaya Bakırköy 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nde devam edildi. Duruşmaya getirilen tanıklardan Engin Çeber ile aynı koğuşta kalan Aşkın Erkoçak, halen tutuklu olduğundan dolayı ifade vermek istemediğini beyan etti. Tanıklardan Hacı Koçak da tutuklu bulunduğu gerekçesiyle ifade vermedi. Duruşmada daha sonra infaz koruma memuru Kenan Özmen tanık olarak dinlendi.
Özmen, olay günü cezaevinde normal bir gün geçirdiklerini ifade ederek, "Olay günü bir kişinin hastaneye kaldırıldığını duyduk. Konuya ilişkin şu an ismini hatırlamadığım bir kişi, ikinci müdürün tutanak tutup kendisine götürmemizi istediğini söyledi. Gerekli tutanağı hazırladıktan sonra müdüre götürdüm. İkinci müdür imzaladı. Tutanakta 4 infaz koruma memurunun ismi bulunuyordu. İtiraz edilmesi üzerine tutanağı yeniden hazırladımve 12 ceza infaz koruma memurunun ismini yazdım. Tutanakta adı geçen infaz memurlarının hepsinin tutanağı imzalaması aynı gün içinde tamamlanmadı" dedi. Mahkeme heyeti daha sonra sanıklar ve avukatların taleplerine geçti.
Müdahil avukatlardan Taylan Tanay talepler sırasında söz alarak, Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklu bulunan ve Silivri Cezaevi'nde Meclis Araştırma Komisyonu'nun yaptığı inceleme sırasında Engin Çeber'in ölümüne ilişkin bilgiler veren gazeteci Tuncay Özkan'ın oradaki ifadelerinin dava dosyasına konulmasını talep etti. Tanay, tutuksuz olarak yargılanan 3 infaz koruma memuru ile 2 polis memurunun da tutuklanmasını talep etti. Duruşma sırasında söz alan sanık avukatları da müvekkillerinin işlenen suçla herhangi bir ilişkilerinin bulunmadığını öne sürerek tahliye talebinde bulundu. Talepleri değerlendiren mahkeme heyeti müdahil avukatlardan Taylan Tanay'ın, Tuncay Özkan'ın Meclis Alt Komisyonu'na verdiği bilgilerin istenilmesine karar verdi. 5 tutuksuz sanığın tutuklanması talebini reddeden mahkeme heyeti, sanık avukatlarının talepleri doğrultusunda İstinye Devlet Hastanesi'nde Engin Çeber'i muayene eden doktor Hanifi Akınoğlu'nun duruşmada tanık olarak dinlenilmesine karar verildi. Mahkeme Engin Ceber'in gözaltında tutulduğu karakolun nezaretine ait 17 CD ve Metris Cezaevi'nde güvenlik kameralarına yansıyan 8 DVD'nin 3 bilirkişiye verilerek konuya ilişkin bir ay içinde rapor hazırlanmasına karar verdi. Sanıkların tutukluluk halinin devamına karar veren mahkeme, duruşmayı 8 Haziran 2009'a ertelerken, 13 Mayıs'ta da tanıkların tutukluluk incelemelerinin yapılmasını kararlaştırdı. Öte yandan, duruşma sırasında Engin Ceber'in kardeşi Şerife Tekin ile tutuksuz sanıklardan Salim Geniş arasında bir tartışma yaşandı. Şerife Tekin, Salim Geniş'in kendisini elle taciz ettiğini öne sürdü. Geniş, bir süre polis gözetiminde tutuldu.
