Ergenekon davasından dolayı hükümeti eleştiren Baykal'a Sosyalist grup yaptığı açıklama ile şu cevabı verdi: "Ordu, laik devlet ve demokrasiyi koruyamaz. Türk ordusunun herhangi bir şekilde siyasi hayata müdahalesi ters etki doğurur ve kabul edilemez. Bu mesaj, Türkiye'de herkes tarafından açıkça anlaşılmalıdır." Sosyalist Grup Başkanı Martin Schulz ise şu anki haliyle Ergenekon davasında yargıdaki bağımsızlığa şüphe duymak için bir neden görmediğini ifade etti.
Parlamenter Stavros Lambrinidis de "Sayın Baykal, demokrasiyi savunma, insan hak ve özgürlüklerini genişletme noktasında partinize ilişkin ciddi endişelerimiz oluştu. 301'in değişmesi için gerekli yasa tasarısını reddettiniz. TRT 6'nın kurulmasına muhalefet ettiniz. Burada farklı konuşuyorsunuz Türkiye'de farklı" dedi. Brüksel'e giderken, "Anayasa değişikliğinde uzlaşma olursa AK Parti Genel Merkezi'ne giderim" diyen Baykal Brüksel'de ise "AK Parti laikliği tehdit ediyor. Anayasa değişikliğinin üç maddesini Anayasa Mahkemesi'ne götüreceğiz" diye konuştu.
