Ergenekon terör örgütü soruşturması kapsamındaki gözaltıları şiddetle eleştiren Baykal, dün ilginç bir çıkış yaptı. Başbakan Erdoğan'ın operasyonun yapıldığı gün "Olayın sonuna geldik." dediğini iddia eden Baykal, soruşturma için "Bu bir yargı süreci değil, siyasi hesaplaşma süreci." nitelendirmesinde bulundu. Ardından yargıya şu çağrıyı yaptı: "Türkiye bir sınav verecektir. Bu tablonun en kısa zamanda noktalanmasını ve yargının kendi kuralları ve süreci içinde bu siyasi tertipleri boşa çıkarmasını bekliyoruz.'' Baykal, Meclis'i kilitleyen 367 krizi sırasında da benzer bir çıkış yapmıştı. Meclis'te 367 vekil olmadığı gerekçesiyle Köşk seçimlerinin birinci turunun iptal edilmesini isteyen Baykal, konuyu görüşmeye hazırlanan Anayasa Mahkemesi'ne "Başvurumuz reddedilirse toplumda çatışma çıkar." mesajını vermişti.

Baykal, Parti Meclisi (PM) toplantısı öncesinde gündemdeki gelişmeleri değerlendirdi. Ergenekon terör örgütü kapsamındaki gözaltılara ilişkin daha önceki görüşlerini yineleyen Baykal, toplumun temellerinin, hukuk sisteminin özünün ve kökünün çok ciddi bir ayrışmaya, çatışmaya doğru çekildiğini ileri sürdü. Merkez Yönetim Kurulu'nda alınan kararlara değinen Baykal, Sosyalist Enternasyonal'e (SE) eleştiriler yöneltti. "CHP, 'birileriyle daha sıcak, yakın ilişki kuracağım' diye Türkiye'yi gözden çıkaramaz." diyen Baykal, Sosyalist Enternasyonal toplantısında CHP'nin üyelikten çıkarılmasına ilişkin hiçbir girişimin gündeme gelmediğini, ancak kendilerinin bundan sonra uluslararası kuruluşla ilişkilerini değerlendireceğini belirtti.